普段は非公開となっている国指定文化財の方丈ですが、「秋の特別展」（～12月3日）の期間中には、中に入ることができます。
堂内の一番奥には、近藤家家臣が寄進したという「西方浄土曼荼羅図」が展示されています。この曼荼羅図は奈良県の當麻寺の曼荼羅を模写したもの。宝林寺を開創した独湛禅師が明国から渡来したのは江戸時代の前期。
当時最先端と思われていた明朝文化を日本にもたらしたはずでしたが、展示されている独湛禅師や、禅師を招いた領主近藤貞用の肖像画（いずれも県指定有形文化財）などを見る限り、かなり和風な要素を取り入れていたようにも思われます。
また「秋の特別展」では、井伊直虎を紹介する漫画冊子「女城主 井伊直虎」の絵を担当した漫画家江川直美さんの作品約40点も展示されていました。